《南京军医学院学报》是第二军医大学南京军医学院主办的医药卫生类、综合性学术期刊（季刊），国内外公开发行。主要报道和介绍教、医、研的新成果、新技术、新经验和新方法。内容包括：基础医学、临床医学、军事医学、药学、祖国医学和预防医学等。栏目设备：论著、综述与讲座、技术与方法、经验交流、护理园地、病例报告和短篇等。凡是国家、省、市、军队及院校等基金资助课题的论文将优先发表。

《南京军医学院学报》曾获全国高校学报评比一等奖；全军评比优秀编辑奖。